Historyk-mediewista, historyk kultury polskiej, w tym historii chrześcijaństwa w Polsce, specjalista historii Europy Środkowo-Wschodniej. Absolwent Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu oraz Uniwersytetu im. Mikołaja Kopernika w Toruniu. Od 1950 roku pracownik Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego – kierownik Katedry Archeologii Polski, kierownik Katedry Historii Kultury Polskiej, kierownik Instytutu Geografii Historycznej Kościoła w Polsce, wieloletni kierownik Sekcji Historii, dziekan Wydziału Nauk Humanistycznych.
Od 1991 prof. Jerzy Kłoczowski był dyrektorem Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej.
Przewodniczący Polskiego Komitetu ds. UNESCO, członek-założyciel Polskiej Rady Ruchu Europejskiego, przewodniczący Polskiej Komisji Historii Porównawczej Kościołów w Komitecie Nauk Historycznych Polskiej Akademii Nauk, przewodniczący Komitetu Wspólnego UNESCO i Międzynarodowego Komitetu Nauk Historycznych (CISH). Doktor honoris causa paryskiej Sorbony.
Żołnierz Armii Krajowej, uczestnik powstania warszawskiego.
Odznaczony Krzyżem Virtuti Militari i Orderem Orła Białego.
Autor i redaktor około tysiąca publikacji z zakresu historii i historii kultury.